De derde pijler van de Europese Unie (EU) omvat beleid op het gebied van Justitie en Binnenlandse Zaken (JBZ). Het gaat bijvoorbeeld om bestrijding van criminaliteit en drugshandel, maar ook om terrorismebestrijding. Asiel- en migratiebeleid zijn echter overgeheveld van de derde naar de eerste pijler.
Net als in de tweede pijler hebben zowel de Europese Commissie als de EU-lidstaten het recht van initiatief. De besluitvorming in de Raad van ministers vindt plaats op basis van unanimiteit. Voor besluiten van uitvoerende aard is een gekwalificeerde meerderheid in de Raad nodig.
Het Europees Parlement (EP) heeft in de derde pijler iets meer invloed dan in de tweede. Zo moet de Raad het EP om advies vragen alvorens het een besluit mag nemen. Het EP heeft vervolgens drie maanden de tijd om advies uit te brengen.
Binnen de derde pijler heeft de Nederlander Gijs de Vries de functie van Europees coördinator voor de bestrijding van terrorisme gekregen. Ook organisaties als Europol en Eurojust spelen een rol in de derde pijler.